Die heutige Basilika wurde nicht in einem Zug gebaut. Der älteste Teil sind die Türme.
Ihr Baubeginn wird in der 2. Hälfte des 12. Jahrhunderts angenommen. Die Türme wurden östlich der bestehenden Notkirche als selbstständige Bauwerke im klassisch romanischen Stil errichtet. Sie waren sicher als Westtürme geplant. Als Beleg kann festgestellt werden, dass sie sehr nahe zusammen stehen und mit einem Gewölbe verbunden waren, deren Ansätze an den zueinander gerichteten Turmseiten heute noch zu erkennen sind. Veränderte Fensteröffnungen an den Türmen und die noch vorhandenen feinen Steinmetzarbeiten an den Westfronten der Türme weisen auf eine Planänderung hin, die im Speicherraum, aber nicht für den Beschauer von außen sichtbar sind.
Die Türme waren bis 1605 mit einfachen Rautendächern gedeckt. 1605 bis1608 wurden sie durch neue Spitzhelme ersetzt und auf der Höhe der heutigen Turmuhr durch eine Brücke verbunden. In der Bevölkerung wurde sie scherzhaft als die höchste Brücke am Rhein bezeichnet. In dieser Brücke war für den Nachtwächter ein Zimmer mit Herd und Kamin. Die Brücke wurde 1859 nach einem Beschluss des Stadtrates abgebrochen.
Nach der Fertigstellung der Türme und der angesprochenen Planänderung wurde das Langhaus errichtet. Begonnen wurde mit dem südlichen Teil des Hauptschiffes. Auch innerhalb dieser Bauzeit kam es zu weiteren Planänderungen, die man an der unterschiedlichen Ge-staltung der Bögen am südlichen Mannhaus erkennen kann.
Die wahrscheinliche Fertigstellung des Hauptschiffes wird auf das Jahr 1225 datiert. Hier wird erstmals St. Severus als Kirchenpatron genannt. Eine Änderung des Patroziniums wurde immer mit einem besonderen Ereignis, z. B. der Weihe eines Objektes vollzogen. Vorher wurden der Apostel Petrus und Johannes der Täufer als Kirchenpatrone genannt. Aus diesem Patrozinium kann auf die zentrale Bedeutung und die Funktion als Taufkirche geschlossen werden. Man kann davon ausgehen, dass das Hauptschiff fertiggestellt war und ein kleiner Chorraum zwischen den Türmen eingerichtet war. Im Hauptschiff, das im Wesentlichen noch spätromanisch ist, sind aber erste gotische Elemente erkennbar. Insbesondere ist das Gewölbe zu beachten, das von manchen Fachleuten als Spinnengewölbe bezeichnet wird, aber ein Tonnengewölbe ist. Das ist der Tatsache geschuldet, dass man das optische Erscheinungsbild der Gotik schon kannte, aber nicht die Technik des Erbauens. So hat man unter das Gewölbe Zierrippen eingefügt. Diese Rippen haben keine statische Bedeutung, sondern sollten nur die aufstrebende Formgebung der Gotik nachempfinden.
Als 3. Bauabschnitt wurde der Chorraum erstellt. Hier sehen wir deutlich den Einfluss der Gotik, sowohl in der baulichen Gestaltung als auch in der Form der Fenster. Die Kirche wird, da sie auch der Bauform einer Basilika entspricht, insgesamt als eine rheinische Emporen-Basilika im Übergangsstil von der Romanik zur Gotik gesehen.
